El secreto más famoso de esta obra reside en su metamorfosis cromática radical. Originalmente, Matisse había pintado este lienzo en tonos azules dominantes, titulándolo "Armonía en azul". Fue encargado bajo esta forma por el coleccionista ruso Serguéi Shchukin. Sin embargo, insatisfecho con el contraste, Matisse lo pintó de nuevo totalmente en verde, antes de optar finalmente por el rojo vibrante que conocemos, justo antes de su envío a Moscú. Estas capas sucesivas confieren a la superficie un espesor y una riqueza de tono imperceptibles a primera vista.
Otro secreto se refiere a la relación entre Matisse y su rival Picasso. Durante la creación de esta obra, Matisse buscaba responder a las provocaciones del cubismo naciente. Mientras Picasso deconstruía las formas mediante la geometría gris y marrón, Matisse eligió "demoler" la perspectiva mediante la saturación del color puro. Es una lucha de poder estética: Matisse afirma que el color, y no la forma, es el verdadero motor de la modernidad.
Los análisis técnicos han revelado que el motivo del arabesco no está pintado de manera aleatoria. Sigue una cuadrícula de proporciones extremadamente precisa, oculta bajo la apariencia de la espontaneidad. Matisse pasó semanas ajustando la ubicación de las flores azules para que nunca crearan un efecto de profundidad accidental. Quería una planitud absoluta, un "muro de color" que se erige ante el espectador sin ninguna ilusión de hueco espacial.
El coleccionista Shchukin se aterrorizó inicialmente por la violencia del rojo cuando recibió la obra. Había encargado un azul relajante y recibió un "incendio visual". Sin embargo, terminó por comprender el genio de Matisse y colocó la obra en el centro de su palacio en Moscú, donde se convirtió en una fuente de inspiración mayor para los futuros constructivistas rusos. El lienzo sobrevivió así a una duda inicial del mecenas que habría podido cambiar el curso de la historia del arte.
Finalmente, un secreto reside en el paisaje a través de la ventana. Algunos historiadores ven en él una reminiscencia de los jardines de Collioure, donde Matisse inventó el fauvismo. Este pequeño rectángulo de verdor es un homenaje secreto a sus propios descubrimientos pasados, un anclaje realista en una obra que tiende por lo demás hacia la abstracción decorativa total. Las flores blancas están puestas allí como notas de música en una partitura, equilibrando el "bajo continuo" del rojo omnipresente.