L'un des secrets les plus fascinants de cette œuvre réside dans l'incorporation d'un portrait caché. On raconte que l'un des bourreaux, celui qui soutient la base de la croix avec le plus d'effort, possède des traits qui rappellent l'un des mécènes ou des assistants de Rubens. Plus techniquement, des analyses ont montré que Rubens a utilisé des pigments extrêmement coûteux, notamment du lapis-lazuli, non pas pour le Christ, mais pour certains détails du ciel et des vêtements des volets, afin de garantir une profondeur chromatique qui résisterait au temps dans la pénombre de la cathédrale.
Un autre secret concerne le chien au premier plan à gauche. Ce n'est pas seulement un ajout naturaliste. Dans la symbolique flamande de l'époque, le chien peut représenter la fidélité, mais placé ici face à la violence, il sert de témoin innocent qui souligne la cruauté des hommes. Certains historiens y voient aussi une signature visuelle, Rubens ayant souvent inclus des animaux pour démontrer sa virtuosité technique et sa capacité à capturer la vie sous toutes ses formes.
Le triptyque que nous voyons aujourd'hui dans la cathédrale d'Anvers n'était pas destiné à cet endroit à l'origine. Il a été peint pour l'église Sainte-Walburge, qui a été démolie en 1817. Lors de son transfert, l'œuvre a failli être endommagée à plusieurs reprises. Pendant l'occupation napoléonienne, le tableau fut emporté à Paris comme butin de guerre et exposé au Louvre avant de revenir à Anvers en 1815. Ces voyages ont nécessité des restaurations précoces qui ont parfois altéré la couche picturale originale de Rubens.
Un détail souvent ignoré est la présence d'une éclipse solaire partielle dans le ciel. Rubens utilise des connaissances astronomiques de son temps pour suggérer le passage de l'obscurité divine mentionné dans les Évangiles. En observant attentivement les nuances de bleu sombre et de gris, on perçoit une lumière anormale qui ne provient d'aucune source naturelle terrestre, accentuant l'aspect surnaturel de l'événement.
Enfin, le secret de la rapidité d'exécution de Rubens est ici manifeste. Bien que l'œuvre soit immense, l'artiste a utilisé une technique de "grisaille" sous-jacente très élaborée qui lui a permis de poser ses couleurs avec une efficacité redoutable. Rubens ne peignait pas seul ; son atelier était une véritable entreprise. Cependant, les experts s'accordent à dire que pour ce triptyque, la main du maître est omniprésente, surtout dans le corps du Christ, tant la finesse du modelé et la transparence des chairs sont d'une qualité exceptionnelle.