Le secret le plus célèbre de cette œuvre réside dans sa métamorphose chromatique radicale. À l'origine, Matisse avait peint cette toile dans des tons bleus dominants, l'intitulant "Harmonie en bleu". Elle fut commandée sous cette forme par le collectionneur russe Sergueï Chtchoukine. Cependant, insatisfait du contraste, Matisse la repeignit entièrement en vert, avant de finalement opter pour le rouge vibrant que nous connaissons, juste avant son expédition à Moscou. Ces couches successives confèrent à la surface une épaisseur et une richesse de ton imperceptibles à première vue.
Un autre secret concerne la relation entre Matisse et son rival Picasso. Lors de la création de cette œuvre, Matisse cherchait à répondre aux provocations du cubisme naissant. Alors que Picasso déconstruisait les formes par la géométrie grise et brune, Matisse choisit de "démolir" la perspective par la saturation de la couleur pure. C'est une lutte de pouvoir esthétique : Matisse affirme que la couleur, et non la forme, est le véritable moteur de la modernité.
Des analyses techniques ont révélé que le motif de l'arabesque n'est pas peint de manière aléatoire. Il suit une grille de proportions extrêmement précise, cachée sous l'apparence de la spontanéité. Matisse a passé des semaines à ajuster le placement des fleurs bleues pour qu'elles ne créent jamais d'effet de profondeur accidentel. Il voulait une planéité absolue, un "mur de couleur" qui se dresse devant le spectateur sans aucune illusion de trouée spatiale.
Le collectionneur Chtchoukine a d'abord été terrifié par la violence du rouge lorsqu'il a reçu l'œuvre. Il avait commandé un bleu apaisant et a reçu un "incendie visuel". Pourtant, il finit par comprendre le génie de Matisse et plaça l'œuvre au centre de son palais à Moscou, où elle devint une source d'inspiration majeure pour les futurs constructivistes russes. La toile a donc survécu à une hésitation initiale du mécène qui aurait pu changer le cours de l'histoire de l'art.
Enfin, un secret réside dans le paysage à travers la fenêtre. Certains historiens y voient une réminiscence des jardins de Collioure, où Matisse a inventé le fauvisme. Ce petit rectangle de verdure est un hommage secret à ses propres découvertes passées, un ancrage réaliste dans une œuvre qui tend par ailleurs vers l'abstraction décorative totale. Les fleurs blanches y sont posées comme des notes de musique sur une partition, équilibrant la "basse continue" du rouge omniprésent.