Das erste Geheimnis liegt in der Identität der Abtei. Obwohl Friedrich von Eldena inspiriert war, änderte er die Proportionen bewusst, um sie spektraler erscheinen zu lassen. Es ist keine originalgetreue Wiedergabe, sondern eine mentale Rekonstruktion, die eine ideale spirituelle Architektur evozieren soll. Während Goya oder Turner Licht nutzten, verwendete Friedrich architektonische Veränderung, um das Gefühl des Heiligen zu manipulieren.
Ein weiteres Geheimnis betrifft die Mönche. Infrarotanalysen deuten darauf hin, dass Friedrich die Prozession mehrmals änderte. Ursprünglich waren sie sichtbarer. Indem er sie in den fast totalen Schatten des Vordergrunds tauchte, zwingt er den Betrachter, in die Dunkelheit zu blicken, was eine immersive Erfahrung der Trauer schafft. Dieses Verfahren der "Rückenfigur" ermöglicht eine totale psychologische Projektion des Betrachters in das Werk.
Die Verwendung des "Neumonds" ist ein entscheidendes symbolisches Geheimnis. Für Friedrich ist die dünne Mondsichel über der Ruine kein bloßes meteorologisches Detail. Sie ist das christliche Symbol der Hoffnung und Auferstehung. Genau in der Achse des zerbrochenen Fensters platziert, zeigt sie an, dass selbst inmitten von Tod und Zerstörung ein neues Licht geboren wird. Es ist der optimistische Anker in einem verzweifelt wirkenden Werk.
Schließlich verbirgt die Technik der schwarzen und braunen Pigmente eine ungeheure Komplexität. Friedrich verwendete extrem dünne Lasuren, um diese Schattentiefe zu erreichen. Es wird erzählt, dass König Friedrich Wilhelm III. von Preußen beim Kauf des Bildes so beunruhigt war, dass er fragte, ob das Werk unvollendet sei. Das Geheimnis liegt darin, dass Friedrich "Leere" nicht als Abwesenheit, sondern als immaterielle göttliche Präsenz malte.