O segredo mais famoso desta obra reside na sua metamorfose cromática radical. Originalmente, Matisse tinha pintado esta tela em tons de azul dominantes, intitulando-a "Harmonia em Azul". Foi encomendada sob esta forma pelo colecionador russo Sergey Shchukin. No entanto, insatisfeito com o contraste, Matisse pintou-a inteiramente de verde, antes de finalmente optar pelo vermelho vibrante que conhecemos, pouco antes do seu envio para Moscovo. Estas camadas sucessivas conferem à superfície uma espessura e uma riqueza de tom impercetíveis à primeira vista.
Outro segredo refere-se à relação entre Matisse e o seu rival Picasso. Durante a criação desta obra, Matisse procurava responder às provocações do cubismo nascente. Enquanto Picasso desconstruía as formas através da geometria cinzenta e castanha, Matisse escolheu "demolir" a perspetiva através da saturação da cor pura. É uma luta de poder estética: Matisse afirma que a cor, e não a forma, é o verdadeiro motor da modernidade.
As análises técnicas revelaram que o padrão da arabesca não é pintado de forma aleatória. Segue uma grelha de proporções extremamente precisa, escondida sob a aparência da espontaneidade. Matisse passou semanas a ajustar o posicionamento das flores azuis para que nunca criassem um efeito de profundidade acidental. Ele queria uma planura absoluta, uma "parede de cor" que se ergue perante o espetador sem qualquer ilusão de buraco espacial.
O colecionador Shchukin ficou inicialmente aterrorizado pela violência do vermelho quando recebeu a obra. Tinha encomendado um azul relaxante e recebeu um "incêndio visual". No entanto, acabou por compreender o génio de Matisse e colocou a obra no centro do seu palácio em Moscovo, onde se tornou uma fonte de inspiração maior para os futuros construtivistas russos. A tela sobreviveu assim a uma hesitação inicial do mecenas que poderia ter mudado o curso da história da arte.
Finalmente, um segredo reside na paisagem através da janela. Alguns historiadores veem nela uma reminiscência dos jardins de Collioure, onde Matisse inventou o fauvismo. Este pequeno retângulo de verdura é uma homenagem secreta às suas próprias descobertas passadas, uma ancoragem realista numa obra que tende, por outro lado, para a abstração decorativa total. As flores brancas estão ali colocadas como notas de música numa partitura, equilibrando o "baixo contínuo" do vermelho omnipresente.